Essa região pertence à área do grande Pantanal que os antigos exploradores chamavam de Mar de Xaraés. Aqui ainda vivem os índios Kadiwéu, descendentes da antiga tribo Guaicuru, os únicos guerreiros cavaleiros do Brasil. Nos conflitos, escondiam-se na lateral do dorso dos cavalos para iludir os inimigos, fazendo-os crer que os animais estavam sem montaria.

Os Guaicuru, bravos combatentes que se distinguiram pela liderança e estratégia em ação, ajudaram os portugueses a manter o Brasil para si, durante o século XVI, para que não ficasse sob o domínio espanhol.

Na Guerra do Paraguai (1864-1870), que foi o conflito armado mais longo da América do Sul, os Kadiwéu lutaram ao lado dos brasileiros, razão pela qual tiveram parte de suas terras reconhecidas e hoje vivem na reserva Terra Indígena, na Serra da Bodoquena.

O povoamento das terras próximas à serra teve início somente na década de 1830. Mas foi devido à implantação, pelo governo, de uma colônia agrícola, em 1948, que em 1950, os primeiros colonos se instalaram definitivamente onde hoje é a cidade de Bodoquena.

A cidade de Bodoquena foi distrito da cidade de Miranda e chamava-se Campão até 1982, quando emancipou-se, tornando-se Bodoquena, que na língua indígena significa "Nascente em cima da Serra".