A fazenda Boca da Onça foi adquirida em 1988, pelo empresários paulistas Haroldo e Angela Quartim Barbosa, com a específica finalidade de criação de gado. Anteriormente a fazenda era conhecida pelo nome de Tabogã. Tanto seu antecessor, como seus proprietários atuais, tinham total desconhecimento das maravilhas que se escondiam sob a vasta mata nativa. Explorando e caminhando com muita dificuldade é que o potencial turístico dessa fazenda foi descoberto. Em 1988 nem se falava em turismo ecológico por essa região do Brasil. Somente na década de 90 é que tiveram início, em Bonito, a exploração profissional do turismo e a preocupação com a conservação do meio ambiente.

O nome Boca da Onça se originou devido a uma estória contada pelo antigo proprietário relatando as suas peripécias ao tentar salvar um veado da boca e das garras de uma onça, na fazenda, há muitos anos atrás. Essa e outras estórias contadas pelos peões fazem parte do folclore da região.

Um dos grandes diferenciais da Boca da Onça é o seu zelo pelo meio ambiente. Hoje, dos 2000 hectares, área total da fazenda, 45% são dedicados à pecuária e 55% à preservação ambiental. O objetivo é a conservação das matas, das nascentes de água e do rio Salobra. Todas as nascentes, córregos e sua mata ciliar estão cercados e os visitantes só caminham por trilhas – especialmente construídas para não permitir a erosão e para que as raízes das árvores não sejam danificadas pelo pisoteio diário das pessoas - e por passarelas suspensas. Na época da seca a atenção se canaliza para a prevenção de incêndios. A fazenda possui todo o equipamento necessário e o pessoal treinado, através de cursos especializados ministrados pelo IBAMA, para combater o fogo.

O trabalho de preservação também abrange a coleta seletiva do lixo. É uma norma da fazenda que se estende a todos os seus moradores. O lixo seco é separado para que papéis e plásticos sejam incinerados e vidros e metais (latinhas prensadas) sejam encaminhados para a cidade de Bodoquena. As sobras orgânicas da cozinha são destinadas à compostagem para a horta e o jardim.